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taxonomie vivant

Pour s’y retrouver avec les bactéries, quelques notions de taxonomie !

Genre, classe, espèce…de quoi ne plus savoir où donner de la tête !

Avec l’essor des probiotiques, les professionnels de santé sont de plus en plus confrontés au nom latin des bactéries, ce qui justifie une révision des notions taxonomiques.

La taxonomie : définition

La taxonomie est la science de la classification, qui permet d’ordonner des éléments en différents groupes qui sont appelés taxons. Les éléments sont classés selon leurs caractères communs, des plus généraux au plus particuliers. Nous devons cette classification scientifique à Carl Linneus, qui l’a initialement proposée en 1735.

Pour plus de clarté, les groupes peuvent être représentés de façon schématique comme ci-dessous :

         taxonomie                                                                                               

Le domaine

C’est le premier niveau de classification du vivant. Actuellement, nous distinguons 3 domaines : les Bactéries, les Archées et les Eucaryotes.

Le phylum

C’est le 2ème niveau, qui désigne une lignée évolutive : les espèces qui le composent sont toutes issues d’un même ancêtre. Les phyla Firmicutes ou Proteobacteria, ou encore Bacteroidetes sont très souvent représentés dans les publications sur le microbiote humain.

La classe

3ème niveau de classification : la classe. Il est important de savoir que certaines classes donnent souvent leur nom au phylum, ce qui peut causer des confusions.

L’ordre

Reconnaissable chez les bactéries, les plantes, les algues et les champignons par le suffixe –ales. Par exemple : les lactobacillales.

La famille

La famille regroupe les genres et les espèces qui présentent le plus de similitudes entre eux. Le nom des familles se termine par le suffixe –aceae chez les bactéries, comme chez les plantes, les algues et les champignons. Le nom de la famille est toujours écrit en italique (ex : Lactobacillaceae).

Le genre

Il regroupe un ensemble d’espèces ayant en commun plusieurs caractères phéno- et génotypiques.

L’espèce

Il s’agit du taxon de base, qui dans la philosophie de Linneus correspond au niveau permettant la multiplication sexuelle. Dans le domaine des procaryotes, en absence d’une multiplication sexuelle, l’espèce est un concept plus qu’une réalité biologique dont les critères, les limites et la dénomination sont définis par l’être humain. Des espèces aux caractéristiques communes peuvent être rassemblées au sein de groupes.

On utilise enfin parfois des échelons intermédiaires (sous-embranchement, sous-famille ou sous-espèces). Il est ainsi possible, à l’intérieur d’une même espèce, de distinguer différentes souches (sous-division de l’espèce) aux caractéristiques structurelles et/ou fonctionnelles spécifiques.

 

En pratique

En pratique courante, le nom d’une bactérie (telle qu’on peut les trouver sur les boîtes de probiotiques) renseigne à la fois sur son genre et son espèce. Il peut s’écrire en toutes lettres ou seulement avec l’initiale du genre. Par exemple, Lactobacillus acidophilus ou L.acidophilus est une bactérie du genre Lactobacillus et de l’espèce Lactobacillus acidophilus. L’initiale du genre s’écrit toujours en majuscule et le nom en italique. Le nom d’une souche y associe des lettres et des chiffres, par exemple Lactobacillus acidophilus LA 201.

 

Source :

La revue des microbiotes, numéro 9, octobre 2017.